Gümrüklerin Maliye Vekaleti'ne bağlı olduğu, gerek İkinci Meşrutiyet Dönemi'nde gerekse Cumhuriyetin ilk dokuz yılında, gümrükler ita amirliği bakımından bağımsız bir Umum Müdürlük halinde idare edildikleri için Maliye Müfettişleri de bazı durumlarda gümrüklerde görevlendirilmişler ise de, idarenin kendi müfettişleri de olmuştur. Bu meyanda, milli zaferi takip eden günlerde o dönemin Maliye Müfettişlerinden Şükrü, Selahattin, Giritli İbrahim ve Adil (Okuldaş) Beyler gümrükte görevlendirilmişlerdir.
Bu dönemde Cumhuriyetten kısa bir süre önce hazırlanan 1922 tarihli "Talimatname" gümrük idarelerinin teftiş usulü yönünden rehber oluyordu. Teftişlerde Grup usulü uygulanıyordu. Grupta görevli Başmüfettiş merkezle grup üyesi Müfettişler arasında haberleşme vasıtası olmakla beraber, zaman zaman kendi aralarında toplantı yaparlar ve teftişle görevli oldukları idarelerindeki bütün olaylara vakıf olurlardı. Ayrıca, teftişin tarzı ve yürütülmesi de bulundukları idarenin durumuna göre Müfettişlerin takdirine bırakılmıştı.
Grupların seneden seneye değişmesinin kararlaştırılmış olduğu bu usul, uzun müddet devam ettirilememiş ve üç sene kadar devam eden grup usulü 1931 yılında Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin kurulmasından bir müddet sonra kaldırılmıştır.
1931 yılında Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin kurulmasından ve Teftiş Kurulu Başkanlığı'nın oluşturulmasından sonra teftiş usulleri de yenilenip değiştirilmeye başlanılmıştır.
Teftiş Kurulu'nun verimliliğim arttırmak ve duyulan ihtiyaçları karşılamak üzere bir çok tamimler ve özel emirler tebliğ edilmiş, daha sonra da, bunlardan önemli bulunanlar üç kitap halinde derlenerek, bir rehber haline getirilmiştir
Teftiş Rehberi'nde, gümrük idareleri, tetkik ve murakabenin kolaylaştırılması amacıyla Vekalet merkez şubelerine göre taksim edilmiştir.
Öte yandan, teftiş programı başlangıçta bizzat Müfettişler tarafından bir heyet halinde hazırlanıyor ve gerektiğinde Başkanlıkça değiştirildikten sonra kabul edilip uygulamaya konuluyordu. Bilahare, teftiş programın hazırlanması merkezde Başkanlıkça yapılmaya başlanmış; Müfettişler, görevlendirildikleri muhtelif gümrük idarelerinde kendilerine tevdi edilen işleri yapmakla mükellef tutulmuşlardır.
1931 yılında Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin kurulması ile Gümrük Müfettişlerinin unvanı da değişmiş ve "Vekalet Müfettişi" olmuştur.
1932 yılında yayımlanan 1006 sayılı Kanun'dan, Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti Teftiş Kurulu'nun 1 Başmüfettiş, 24 Müfettiş ve 8 Müfettiş Muavini kadrosuna sahip olduğu tespit edilmektedir.
Diğer taraftan, gümrükte görevlendirilen Maliye Müfettişlerinden Şükrü, Selahattin ve Giritli İbrahim Beyler vekaleten Umum Müdürlük yaparken, Adil Okuldaş bu görevi asaleten yürütmüş, bilahare Maliye Teftiş Kuruluna geri dönmüş ve Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti kurulunca da, Vekalete Müsteşar olmuştur.
Adil Okuldaş, Müsteşarlığı zamanında teftiş teşkilatına çok önem vererek kadroyu 41 kişi gibi gümrüğün o güne kadar erişemediği bir seviyeye çıkarmıştır. Maliye Bakanlığı'ndan getirdiği Muammer Kocabaş'ı Teftiş Kurulu Başkanlığı'na ve Mahmud Gündüzalp'i de Başmüfettişliğe atamıştır. Eski Müfettişlerden Sıddık (Özpetek), Püskülsüz Tahsin (Aydınelli), Vefik (Palmir), Raif Lüy, Düğmeci lakaplı Abdullah (Bahtoğlu), Börekçi lakaplı Lütfi (Ersan), Fethi (Keskin), Şemsettin (Uzel), Postacı İbrahim, Arif (Evcimen), Tevfik (Çapar), Recai (Erdinç), Ali Kemal (Özgören), Turşucu Cemil (İmer), Tahsin Fazıl Beylerle, o dönemin gençlerinden Pertev Hilal Duru, Rüşdü Erkuş, Reşad Aras, Cevad Ulusoy, Celadet Barbarosoglu, Sinan Onbulak ve Kadri Beyler ise Umum Müdürlük döneminden Vekalete intikal eden Müfettişlerdir.
Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin ilk atadığı Müfettiş Muavini Zeki Cimidoğlu'dur. Daha sonra Ahmet Suphi Okay, Basri Bora, Kazım Koral, Hulusi Sidal, Medeni İnceoğlu, Şevket Bulgu, Cezmi Şahingiray, Reşat Girişmen, Hamit Tigrel, Enis Kansu, Fazlı Uray ve Cavit Gürocak Beyler Müfettiş Muavini olarak kadroya katılmışlardır.
Adil Okuldaş Gümrük Teftiş Kurulu'nu Maliye Teftiş Kurulu'nun bir mümasili olarak görür ve bu şekil yetiştirmeye çalışırdı. Bunun için, teftiş organının titizlikle çalışmasını ister ve ne kadar değerli olursa olsun İdareden kimseyi Müfettiş yapmak istemezdi. Bunun tek istisnası o dönemde Kana Bey'in hususi kaleminden bir memurun, evvela Teftiş Kurulu Kalemi'ne ve sonra da Teftiş Kurulu'na tayinidir ki, bu istisna da, sonradan bu memurun ayrılışı ile ortadan kalkmıştır
Bu dönemde Müfettişlerin yetiştirilmesine de ayrı bir önem verildi. Müfettiş Muavinlerinin sınavla alındıktan sonra yetiştirilmesi usulü benimsenerek kariyer sistemine geçildi.
Teftiş Kurulu'na hukuk, iktisat gibi yüksek okul mezunlarından yarışma sınavı ile Müfettiş Muavini olarak girilir, Müfettiş Muavinleri tecrübeli bir Müfettiş yanına verilerek, orada yetişmeleri sağlanırdı.
Müfettiş Muavinlerinin ilk zamanlarda İdare ile temasları hemen hemen hiç olmazdı. Zamanla taşra teftişleri ve yapılan ikinci muayenelerle bu temas başlardı.
Halen günümüzde de devam eden, Avrupa ülkeleri gümrüklerinde incelemeler yapmak üzere yurtdışına Müfettişler gönderilmesi uygulaması da Cumhuriyet döneminde, 1935 yılında ilk defa gerçekleşmiştir.
Öte yandan, 29.12.1931 tarihli 1909 sayılı Kanunla Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti kurulduktan sonra yayımlanan, 9.10.1935 tarihli 2825 sayılı "Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti Teşkilat ve Vazifeleri Hakkında Kanun"a göre;
Bakanlık Merkez Teşkilatı içinde yer alan Teftiş Kurulu Başkanlığı’nın vazife ve yetkileri, aynı Kanunun 4 üncü maddesinde "Teftiş Heyeti, Vekil namına ve ondan alacakları direktife göre kanun, nizamname ve emirlerin iyi tatbik edilip edilmediğim teftiş ve murakabe etmekle mükellef olup, Vekilliğe bağlı Teşkilatın hepsinde ve bunların memur ve müstahdemleri üzerinde dilediği anda teftiş yapmağa, elleri altında bulunan para ve ayniyatı ve malları ve bunlara ait gizli, açık defter ve vesikaları tetkik etmeğe ve yazılı istek üzerine bunları göstermekten çekinen veya zimmet veya ihtilası veya muamelelerinde mühim suistimali görülen memurların doğrudan doğruya ellerini işten çektirmeğe, gümrük mıntıkası içinde bütün nakil vasıtaları ile eşyalarım ve yolcuları ve Vekalet’in murakabesine tabi ambar ve antrepolarda mevcut malları ve bunların kayıtlarım muayene ve teftiş eylemeye ve lüzumunda idare haklarım koruyacak tedbirler almağa selahiyetlidirler." şeklinde belirtilmiştir.
Aynı hususlar, ayrıntılı olarak Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti Teşkilat ve Vazifelerine Dair 2/14153 sayılı Nizamname'de de yer almaktadır.
Diğer taraftan, ayrıca, vazife ve selahiyet, mesainin tanzim ve idaresi, gümrüklerin ne surette teftiş edileceği, askerileştirilmemiş muhafaza teşkilatının teftişi, raporların tanzimi, raporların seyri, ikinci muayene, fezleke ve tahkikat raporları, cetveller, muhabereler, turne ve teftiş mıntıkaları, teftiş heyetine intisap ve terfiler ve müfettiş muavinlerinin yetiştirilme şekli gibi hususları düzenleyen 100 maddeden oluşan, bir de Teftiş Hey'eti Talimatnamesi hazırlanarak 1.3.1940 tarihinden itibaren uygulamaya konulmuştur.
Anılan Talimatnamede "Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti Teftiş Heyetine intisap, Müfettiş Muavinliği ile başlar. Bunun için talipler müsabaka imtihanına tabi tutulurlar." denilmek suretiyle idareden Müfettişliğe geçiş önlenmiş ve kariyer sistemi öngörülmüştür. Müfettiş Muavinlerinin yetiştirilmesi ve Müfettişliğe atanması da Müfettiş muavinliğine tayin olunanlar, Vekaletçe tayin edilecek Müfettişler refakatinde staj görürler. Müfettiş Muavini, refakatinde bulunduğu Müfettişin emri altında olup, kendisine tevdi olunan vazifeleri Müfettişin direktiflerine göre icra eder. Müfettiş Muavinlerinin staj müddeti üç senedir. Bunun ilk iki senesi müstemirren Müfettiş refakatinde geçer. Bu müddet zarfında Müfettiş Muavini, bizzat teftiş yapıp rapor tanzim etmez. Refakatinde çalıştığı Müfettişin müspet notlarını kazanan Müfettiş Muavinine, stajının son senesinde resen teftiş işleri verilir. Üç senelik staj müddetini ikmal eden ve refakatinde bulunduğu Müfettişlerle, Teftiş Heyeti Reisinin müspet kanaat notunu kazanan Müfettiş Muavinleri, ayrıca bir meslek ehliyeti imtihanından geçirildikten sonra Müfettiş olurlar. Bu notu ve imtihanı kazanamayanlar idari bir vazifeye naklolunur. " şeklinde esaslara bağlanmıştır.
Bu tarihten itibaren Teftiş Kurulu'nun çalışmaları, yeni Müfettiş Muavini atamaları ve bunların yetiştirilmesi bu esaslara göre yürütülmüştür.
01.03.1940 tarihli Talimatname 09.04.1983 tarihli Gümrük ve Tekel Bakanlığı Teftiş Kurulu Yönetmeliği ile uygulamadan kaldırılmış ise de, yürürlüğe konulan yeni Yönetmelik de, genel esaslar açısından aynı hükümleri taşımaktadır.
1983 yılına kadar çalışmalarını bu şekilde sürdüren Gümrük ve Tekel Bakanlığı Teftiş Kurulu, bu tarihte 178 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Maliye ve Gümrük Bakanlığı'nın kurulması üzerine, bu Bakanlığın Teftiş Kurulu Başkanlığı içinde yerini almıştır.
178 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin Teftiş Kurulu Başkanlığı'nın görevlerini düzenleyen 20 inci maddesinde, birleşen bakanlıkların müfettişleri ile ilgili bir ayırım bulunmuyordu. Ancak, metinlerde sadece Maliye Müfettişi unvanı geçiyordu ve fiili bir ayırım vardı. Maliye Müfettişleri ve Gümrük Müfettişleri şeklinde unvanlar kullanılıyordu.
12.02.1984 tarihli 18310 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan bir Düzeltme ile Kanun Hükmünde Kararnamedeki "Maliye Teftiş Kurulu" ibaresi, "Maliye ve Gümrük Bakanlığı Teftiş Kurulu" ve "Maliye Müfettişleri" ibaresi de "Maliye ve Gümrük Bakanlığı Müfettişleri" olarak düzeltilmiş ve bir çatı birliği verilmiş iken, 08.06.1984 tarihli 207 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile yapılan değişiklikle, 178 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 20 inci maddesi değiştirilerek, Maliye Müfettişlerinin görev ve yetkileri ile Gümrük Müfettişlerinin görev ve yetkileri ayrı ayrı tadat edilerek aynı Teftiş Kurulu Başkanına bağlı ikili ayrıma gidilmiştir. Böylece "Gümrük ve Tekel Bakanlığı Müfettişi" unvanının yerini "Gümrük Müfettişi" unvanı almıştır.
Gümrük Müfettişlerinin çalışma usul ve esasları, bu dönemde de 9.4.1983 tarihli Gümrük ve Tekel Bakanlığı Teftiş Kurulu Yönetmeliği hükümlerine göre yürütülmüş, yeni bir düzenleme yapılmamıştır.
1993 yılında Maliye ve Gümrük Bakanlığı'nın kaldırılıp, Başbakanlığa bağlı Gümrük Müsteşarlığı'nın kurulması üzerine, Teftiş Kurulunun görev ve yetkilerini, 02.07.1·993 tarihli 485 sayılı Kanun hükmünde Kararnamenin, 07.09.1993 tarihli 521 sayılı ve 19.06.] 994 tarihli 541 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamelerle değişik, "Teftiş Kurulu Başkanlığı" başlıklı 12 nci maddesi;
“Teftiş Kurulu, müfettiş sıfat ve yetkisini haiz Teftiş Kurulu Başkanının yönetiminde müfettiş ve müfettiş yardımcılarından oluşur.
Teftiş Kurulu, Müsteşarın emri veya onayı üzerine, Müsteşar adına aşağıdaki görevleri yapar:
a) Müsteşarlık teşkilatı ile Müsteşarlığa bağlı ve ilgili kuruluşların her türlü faaliyet ve işlemleriyle ilgili olarak teftiş, inceleme ve soruşturmalar yapmak,
b) Müsteşarlık teşkilatı ile Müsteşarlığın bağlı kuruluşlarının denetimi altındaki her türlü kuruluşun faaliyet ve işlemleri ile ilgili olarak Müsteşarlığın görev ve yetkileri çerçevesinde; teftiş, inceleme ve soruşturmalar yapmak,
c) Müsteşarlığın amaçlarını daha iyi gerçekleştirmek, mevzuata, plan ve programa uygun çalışmasını sağlamak üzere gerekli teklifleri hazırlamak ve Müsteşara sunmak,
d) Çeşitli kanun, tüzük, yönetmelik ve kararların Gümrük Müsteşarına ve müfettişlerine tanıdığı teftiş, inceleme ve soruşturma yetkilerini kullanmak,
e) Gümrük bölgesi içinde bulunan bütün nakil vasıtalarını, bunların yük ve eşyasını, personel ve yolcularını muayene etmek, Müsteşarlığın denetimine tabi gümrük ambar, antrepo, serbest bölge ve yerlerdeki mevcut mallar ile bunların kayıtlarını incelemek, teftiş etmek ve gerektiğinde idarenin haklarını koruyacak tedbirlerin alınmasını sağlayıcı önerilerde bulunmak, acil ve gecikmesinde sakınca bulunan hallerde idare ve hazinenin haklarını koruyucu tedbirler almak,
f) Müsteşar tarafından verilen diğer görevleri yapmak.
Teftişe tabi daire ve kuruluşların para ve para hükmündeki evrakı ile ambar ve depolarında bulunan ayniyatı ve bunlarla ilgili gizli de olsa bütün defter ve belgeleri bunları idare ve muhafazaya memur olanlar ilk talep vukuunda müfettişlere göstermeye, saymasına ve incelemesine yardım etmeye mecburdurlar.
Müfettişler, teftiş, inceleme ve soruşturmanın her aşamasında; kaçakçılık, rüşvet, irtikap, zimmet veya ihtilas eylemleri veya işlemlerinde önemli yolsuzluğu görülen veya istenen belgeleri vermeyen memurları; Müsteşarlık teşkilatı veya bağlı yada ilgili kuruluşlarına mensup iseler, görevden doğrudan uzaklaştırmaya yetkilidirler. Bu memurlar diğer kuruluşlara mensup iseler müfettişin teklifi üzerine kurumlarınca görevlerinden uzaklaştırılabilirler.
Görevleri başında kalmaları teftiş, inceleme veya soruşturmayı güçleştireceği kanaatine varılan Müsteşarlık teşkilatı ve bağlı kuruluşlarının memurları, müfettişin teklifi üzerine Müsteşar tarafından; (b) bendinde belirtilen kuruluşlara mensup görevliler ise, müfettişin teklifi üzerine, yetkililerince görevlerinden uzaklaştırılabilirler.
Müfettişler, görevleri sırasında tüm resmi daire, kurum, kuruluş ve kamuya yararlı derneklerle, gerçek ve tüzel kişilerden gerekli yardım, bilgi, evrak, kayıt ve belgeleri istemeye yetkilidir; yasal engel olmadıkça bu isteğin yerine getirilmesi zorunludur.
Müfettiş yardımcılığında en az üç yıl çalışıp yapılacak yeterlik sınavında başarılı olamayanlar müfettişliğe atanamazlar. Müfettiş yardımcılığına alınma, müfettiş yardımcılığından müfettişliğe yükselme ile ilgili hususlarla Teftiş Kurulu ve Müfettişlerin çalışma esas ve usulleri ile diğer hususlar tüzükle düzenlenir. Müfettiş ve Müfettiş Yardımcıları 6245 sayılı Harcırah Kanununun 33/b maddesi hükmünden yararlanırlar." şeklinde hüküm altına alınmıştır.