Mevcut bilgilere göre, "Gümrük Müfettişliği" müessesesinin tarihi, IX. yüzyıl'da Orta Asya'da hüküm sürmüş İran asıllı Samanoğulları Devleti ile başlar.
Samanoğulları devlet teşkilatlarını ve idare kurumlarını Abbasiler'den iktibas ederek kurmuşlardır. İdare organları başlıca iki sınıfa ayrılmıştı. Bunlardan biri dergah (saray), diğeri divan (meclis-i idare) teşkilatı idi. Samanoğulları'nda Buhara'da merkezi idare teşkilatında on divan vardı. Bunlardan mali işlere bakan divan "Divan-ı İstifa" idi ve bu yerin memuruna "Müstevfi" (Maliye Bakanı) deniyordu. Merkezde mevcut olan divanlardan biri de "Divan-ı İşraf" olup, bu yerin başkanına da "Müşrif" (Müfettiş) deniyordu. İşraf, yüksek yerden bakmak, nezaret etmek anlamına gelmektedir. Müşrif'ler daha çok saray idaresine tahsis edilen paraları kontrol ediyorlardı.
Samanoğulları'nın gümrükleri konusunda mevcut bilgilerden birisi de, gümrük teşkilatlarında Gümrük Müfettişliğinin bulunması ile ilgilidir. Karahanlılar da, Samanoğulları'nın gümrük teşkilatlarını aynen devam ettirmişlerdir.
Selçuklular döneminde, Türkler, aynı zamanda diğer İslam ülkeleri ile de yakın ve devamlı ilişki içinde idiler. Bu ilişkiler sonucu, Selçuklular'ın, Samanoğulları, Gazneliler ve Karahanlı'lar geleneklerinden etkilenerek devlet kurumlarını düzenledikleri, bazı kurumların ise bu devletlerden Selçuklulara intikal ettiği bilinmektedir.
Şüphesiz bu kurumların idari yapıları arasında, Gümrük Müfettişliği müessesesi de bulunmakta idi. Ancak, Karahanlılar ile Selçuklular'da, Samanoğulları'na göre Gümrük Müfettişliği müessesesinde ne gibi değişiklik veya düzenlemeler yapıldığı hususunda elde yeterli bilgi mevcut bulunmamaktadır.