Gümrük Müfettişlerinin çalışma düzeni esas itibariyle, dinamik ve değişken bir mevzuatın uygulanmasının denetimi ve sonuçlarının değerlendirilmesi, olayların ekonomik nedenlerinin araştırılması, kuruluş ve işleyiş yöntemlerinin düzeltilip geliştirilmesi amaçlarına yöneliktir.
Gümrük Müfettişlerinin yıllık teftiş programları kış ve yaz teftiş programlarına ayrılarak yapılır. Yaz teftiş programı, yaz aylarında başlayıp sonbahar aylarında bitmek üzere, genellikle 3-4 ay, hizmet süresine göre iki aya kadar inebilen bir süre içinde ve turne esasına göre uygulanır. Kış Programları Ankara, İstanbul ve İzmir Grup Merkezlerinde bulunan idarelerin teftişini kapsar. Bu teftişler dışında, Müfettişlerce yürütülmekte olan inceleme ve soruşturmalar kış ve yaz teftiş programlarına bakılmaksızın gereği yapılarak sonuçlandırılmaya çalışılır.