Gümrük Müfettişlerinin teftişe ilişkin görev ve yetkileri, Teftiş Kurulu Tüzüğü’nde de belirtildiği üzere şöyle sıralanabilir:

- Müsteşarlık teşkilatı ile Müsteşarlığa bağlı ve ilgili kuruluşların her türlü faaliyet ve işlemleriyle ilgili olarak teftiş, inceleme ve soruşturma işlemlerini yürütmek,

- Müsteşarlık teşkilatının ve Müsteşarlığın bağlı kuruluşlarının denetimi altındaki her türlü kuruluşun faaliyet ve işlemleriyle ilgili olarak, Müsteşarlığın görev ve yetkileri çerçevesinde teftiş, inceleme ve soruşturma yapmak,

- Türkiye Gümrük Bölgesine giren ve çıkan taşıtlar ile bunların yük ve eşyasını, personel ve yolcularını; posta yoluyla Türkiye Gümrük Bölgesine gelen, Türkiye Gümrük Bölgesinden gönderilen, yurt dışına yollanıp da herhangi bir nedenle geri gelen ya da yabancı bir ülkeden gelip de herhangi bir nedenle çıkış yerine geri gönderilen eşya, posta çantaları ve kolilerini muayene etmek; Müsteşarlığın denetimine tabi geçici depolama yerleri, gümrük antrepoları, serbest bölge ve yerlerde mevcut mallar ile bunların kayıtlarını incelemek, teftiş etmek ve gerektiğinde idarenin haklarını koruyacak önlemlerin alınmasını sağlayıcı önerilerde bulunmak, acil ve gecikmesinde sakınca bulunan hallerde idare ve Hazinenin haklarını koruyucu önlemler almak,

- Teftiş, inceleme ve soruşturma sırasında, eşyanın ilgilisine tesliminden sonra beyannamedeki bilgilerin doğruluğunu saptamak amacıyla, eşyanın ithal veya ihraç işlemlerini veya sonraki ticari işlemlere ilişkin ticari belge, bilgi ve verileri kontrol etmek, bu kontrolü beyan sahibine, söz konusu işlemler ile doğrudan ya da dolaylı olarak ticari yönden ilgili diğer kişilere veya belge, bilgi ve verileri ticari amaçla elinde bulunduran diğer kişilere ait yerlerde yapmak